La oficina de investigación estadounidense sacó a la luz pública varios expedientes de celebridades como Steve Jobs, John Lennon y Jim Morrison, quienes fueron considerados un peligro para dicha nación El FBI ha sido el centro de atención desde que estaba a su cargo John Edgar Hoover, quien fue el director hasta su muerte. La agencia de investigación se rigió por unos estatutos muy arcaicos, en donde a la menor provocación, cualquier ciudadano podía estar bajo los ojos de Hoover y sus muchachos.

Aunque algunas teorías alternativas a la oficial proponen que fueron los agentes secretos de Israel o Pakistán los que estaban detrás de los ataques, las teorías que han conseguido mayor repercusión suelen estar basadas en una de estas dos ideas:

• Que el Gobierno de Estados Unidos tenía conocimiento previo de los ataques y deliberadamente no hizo nada para prevenirlos. Este grupo de teorías, por tanto, admite la existencia de los secuestradores islámicos y no cuestiona la causa del derrumbe de las Torres Gemelas, pero acusa al gobierno de permitir deliberadamente que los terroristas realizaran los ataques. Ha recibido el nombre de LIHOP ("let it happen on purpose", "dejar que ocurra a propósito").

• Que fue el propio gobierno de Estados Unidos quien orquestó y perpetró los ataques. Este grupo de teorías cuestiona la causa del derrumbe de las Torres Gemelas, que sería una demolición controlada. Se ha usado el término inside job (trabajo interno) para referirse a los atentados en este grupo de teorías. Ha recibido el nombre de MIHOP ("made it happen on purpose", "hacer que ocurra a propósito").

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